Diskursus pengembangan keilmuan Islam (Islamic Studies) di Perguruan Tinggi Islam menjadi wacana yang tak habis dibahas. Pengembangan akan selalu ada, bahkan bongkar pasang metodologi yang pas menjadi hal yang lumrah ketika kebutuhan kurikulum menuntut pihak Perguruan Tinggi untuk menyempurnakan sistem pembelajarannya. Di STAIN Kudus sendiri misalnya, pernah terwacanakan apa yang disebut sebagai Ilmu Islam Terapan, dan juga kini Islam Transformatif.
Dalam statuta STAIN Kudus, Keputusan Menteri Agama RI No.88 Tahun 2009, pada bagian ketiga disebutkan PIP (Pola Ilmiah Pokok) pasal 2 berbunyi: PIP Sekolah Tinggi adalah membumikan nilai-nilai ke-Islaman dengan mengembangkan keilmuan Islam yang transformatif, mengedepankan perubahan dari teks ke dalam konteks, perubahan dari pemikiran ke dalam aksi, dan perubahan dari individu kedalam kehidupan sosial. Pada hakikatnya transformasi sendiri bermakna menggeser dari ajaran yang sifatnya normatif menuju keajaran yang sifatnya aktual, dalam hal ini berarti dari individu menuju sosial. Transformatif muncul akibat terjadi konflik antara NU dan Muhammadiyah. Demikian tutur Kahar Usman selaku Puket I.
Menurut Kahar, transformatif sendiri diadopsi dari ahli sosiologi (Talcott Parsons) ”teory of action system” yang berisi the society / person connection yang berarti hubungan masyarakat. Islam transformatif di STAIN Kudus digagas mulai tahun 2006  kemudian pada tahun 2007 dilakukan upaya konkrit  didirikannya pesantren mahasiswa yang final pada 2010 dan finishing pada 2011 dan rencananya akan diberi nama Aljami’ah.
Realisasi penerapan Islam transformatif STAIN Kudus dari segi birokrasi mendidik pemimpin yang kooperatif (mudah ditemui, tidak mempersulit mahasiswa, tidak ada jargon pimpinan selamanya. Semua itu harus disadari pemimpin kini dan yang akan datang), dari sisi akademik pemberlakuan Islam Transformatif diawali dari pergeseran kurikulum, diberlakukan praktikum setiap semester yang diharapkan mampu mengubah pola perilaku mahasiswa dari soleh individu menuju soleh sosial. Inilah tujuan yang ingin dicapai STAIN kudus,  tambah Kahar.